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經常會在MALDI中看到Na峰和K峰，鈉和鉀來源於溶劑水。即便是蒸餾水和去離子水也會 含有痕量的鈉離子和鉀離子，無法完全除去。它們在進行質譜分析時也會離子化並與肽的自由羧基結合。因為沒有純化水的係統將水中的鈉離子和鉀離子除去，所以有時候在MALDI MS圖譜中出現鈉峰和鉀峰也是再所難免的。
